Nasce a Pozzolengo, in provincia di Brescia, il 18 marzo 1903 dal mugnaio Giuseppe e Teresina Dolci. Ancora molto giovane viene messo sotto sorveglianza della polizia perché considerato socialmente pericoloso per le sue simpatie politiche socialiste e i suoi ideali antimilitaristi. Per evitare che la sua famiglia venga coinvolta, «fatta responsabile delle sue azioni», decide di emigrare in Francia.
Divenuto anarchico, a Parigi, il 20 febbraio 1924, nel ristorante Savoia, spara al giornalista Nicola Bonservizi, collaboratore di Benito Mussolini e fondatore dei fasci italiani in Francia, che, gravemente ferito, morirà dopo alcune settimane. Scampato al linciaggio e arrestato, Bonomini dichiara alla polizia che con la sua azione anarchica ha voluto vendicare «tutte le vittime del fascismo» e di non essere comunista poiché i «compagni anarchici russi sono perseguitati dalla dittatura di Mosca nella stessa guisa che quelli italiani sono perseguitati dalla dittatura fascista».
Condannato a otto anni di lavori forzati e a 10 di divieto di soggiorno, si salva dalla pena capitale poiché è ancora attuale in Francia l’«indignazione sollevata dal barbarico eccidio di Matteotti» ad opera dei fascisti. Viene schedato dalla Prefettura di Brescia, il 31 gennaio 1929, come “socialista antimilitarista pericoloso”. Scarcerato il 20 febbraio 1932, sul giornale Lotta anarchica di Parigi, si rivolge nel marzo dello stesso anno ai compagni lamentando le «polemiche, rancori ed antipatie personali che come orrido cancro rodono il nostro movimento a beneficio del comune nemico» e auspica la costituzione di un «fronte unico libertario».
Arrestato ed espulso dalla Francia, vive per un breve periodo in Belgio da dove torna in Francia. Lavora nella Librairie moderne di Lilla, insieme al compagno d’ideali Umberto Marzocchi. Nell’aprile 1933, viene nuovamente arrestato per “rottura del bando” e condannato, il 5 maggio, a un mese di carcere, insieme allo stesso Marzocchi. Dopo aver scontato la pena, si stabilisce a Parigi, legandosi sentimentalmente a Louisette Bled (o Lucette Blel o Biel) e in agosto dichiara che a un nuovo arresto si opporrà con uno sciopero della fame.
Nel gennaio 1934 incontra l’anarchico Emidio Recchioni e il 20 aprile viene nuovamente arrestato e fatto salire su un treno diretto in Belgio, dal quale riesce a fuggire, rifugiandosi a Lilla. In seguito fa il decoratore a Sartrouville, alle dipendenze del socialista massimalista Amedeo Delai.
Partecipa alla guerra civile spagnola, in stretta collaborazione col gruppo che pubblica “Guerra di Classe”, guidato da Camillo Berneri. Dall’agosto del 1936 svolge al valico di Portbou l’ufficio di “commissario di frontiera” per controllare gli ingressi e le uscite dalla Spagna. Il 16 ottobre su «Le Libertaire» di Parigi celebra la morte dell’anarchico francese Louis-Emile Cottin, autore di un attentato fallito all’allora presidente del consiglio Georges Clemenceau, caduto sul fronte di Huesca. Il 14 aprile 1937 avverte i compagni della repressione antianarchica (e ancor più, anti-POUM, anche se Bonomini, purtroppo accecato da un certo settarismo, non ne parla) degli stalinisti in Spagna che vorrebbero «rieditare il tradimento di Cronstadt e dell’Ucraina libertarie» e che hanno ucciso molti anarchici spagnoli. Coinvolto negli scontri tra anarchici e poumisti da un lato, e stalinisti e catalanisti dall’altro del maggio 1937 (i famosi “fatti di maggio” di Barcellona), sfugge al destino di Berneri e Barbieri (con cui condivideva l’appartamento in Plaça de l’Angel), assassinati dagli stalinisti, perché in quelle ore si trovava nella sede della FAI in via Durruti (ora via Laietana).
Nonostante i tentativi degli stalinisti di eliminarlo Bonomini decide di rimanere in Spagna sino a quando nel 1938 si reca a Parigi sotto falso nome per partecipare a una riunione degli anarchici e dei massimalisti. Scoperto e arrestato è condannato a un anno di carcere. Evade nell’aprile 1939 dal carcere duro del “campo di lavoro vigilato” di Rieucros (Lozère). Arriva a Bruxelles con l’aiuto dei compagni anarchici che gli procurano un “passaporto autentico” dal Consolato cubano di Bruxelles e un visto dalla compagnia Canadian Pacific Railway con la quale raggiunge il Canada e da lì New York dove trascorre tutto il periodo della Seconda guerra mondiale mantenendo i contatti con gli anarchici raccolti intorno al giornale anarchico L’Adunata dei Refrattari, mantenendo fino alla fine la sua fiducia nell’anarchismo individualista.
Muore a Miami il 6 luglio 1986.